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《转》访福建省肿瘤医院许春伟博士:新型NGS技术临床应用前景广阔,肿瘤精准医疗未来可期!


文章作者:www.homyland3s.com 发布时间:2020-02-03 点击:1715



我的专业是病理学,我一直从事病理科的实际工作。在这项工作中,我主要从分子病理学的角度来设计方案。坦率地说,我所看到的许多方法经不起临床实践的检验,或者需要在后期不断调整以满足要求。因此,从一开始就将临床实践中积累的经验融入方案设计,并注重如何减轻而不是增加病理工作的负担,是我们工作的一大亮点。这种效果可以反映在论文的许多细节中,如样品年龄的评估、质量控制方法的建立、对操作简便性的强调、对成千上万种不同样品的耐受性、对将检测范围集中在耐药或耐药靶标上的强调以及检测结果的可靠性和可验证性。此外,我还负责报告网站的医学解释、临床病理分析和统计工作。

我认为这项工作对医疗行业的影响是深远的,特别是在肿瘤的靶向诊断和治疗领域,不仅有益于患者,也有益于病理学家,因为它解决了临床工作中由于穿刺样本小而导致许多具有阳性治疗目标的患者未被检测到的问题,并且对于晚期肿瘤患者只有一次NGS试验。此外,病理科的日常工作很繁重。如果将脱氧核糖核酸和核糖核酸高通量测序分开进行,该项目将有许多实际困难,这种“一管两检”的创新方法为病理科的工作提供了极大的便利。

作为肿瘤病理学专家,你认为NGS测序在临床实践中发挥了什么作用?总体效果如何?需要解决的问题是什么?

A

今天,肿瘤诊断和治疗已经进入了个体化和精确医学的时代。从“一刀切”发展到“根据每个患者的具体情况正确选择和准确应用合适的治疗方法”,对进一步提高治疗效果、减少不必要的药物副作用、节约医疗费用具有深远的意义。肿瘤的精确医学治疗是一项系统工程,包括精确诊断、精确治疗和精确管理,所有这些都以精确的肿瘤基因检测为基础。生物技术的进步使得探索具有临床意义的基因异常成为可能。在临床肿瘤学实践中,基因检测已成为准确诊断和治疗的前提和核心之一。NGS在开展准确的诊疗实践和实验研究方面具有广阔的前景,在实际的临床诊疗中能够更好地帮助临床医生提高诊断水平,做出合理正确的决策,提高患者的生活质量。

NGS科技正处于不断发展和改进的过程中。我们需要对NGS技术的现状有一个正确的认识。在过去的十年中,肿瘤学的研究和应用表明,NGS确实能够在适当的技术条件下高通量地检测和分析肿瘤中的驱动基因变异或治疗靶点,给一些患者的治疗和生存带来益处。目前,中国肿瘤驱动基因分析协会发布的中国首个《NGS技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》对NGS存在的问题和解决方案比较清楚。它主要由36条语句组成。最重要的是,NGS临床肿瘤诊断和应用项目应符合相应的诊断技术标准。影响NGS结果的限制性因素包括平台类型、靶区富集方法、文库构建和扩增效率、测序数据量、生物信息学分析过程等。临床应用前,应使用其他方法在低质量数据条件下验证特定突变位点的NGS检测结果。检测实验室的专家、肿瘤患者的主任医师和患者应就开展肿瘤NGS分析的利弊进行充分沟通并给予知情同意,同时让临床医生了解具体NGS检测项目的医学意义。

你认为这种创新方法的临床应用价值如何?能够满足临床要求吗?

A

实践造就完美的知识。我认为这种创新方法在临床应用中有很大价值,因为它解决了我们目前面临的两大问题。低分布突变的比例

病理学一直被认为是基础医学和临床医学之间的“桥梁学科”。你如何理解这个问题?“转化医学”是什么关系?

回答

这是一个老话题。从本科医学研究阶段开始,老师会告诉我们病理学是一门研究病因学、发病机制、病变组织病理变化和疾病预后的科学,是基础医学和临床医学之间的桥梁课程。学习病理学基础不仅要有解剖学、组织学、生理学和生物化学等基础医学知识作为铺垫,还要熟悉寄生虫学、微生物学和免疫学等相关知识。同时,病理基础也是内科、外科和流行病学等临床医学的基础。

传统的基础研究和临床实践经常被一系列障碍所分隔。例如,临床实际问题的作者往往不具备基础研究的条件。另一方面,大量基础研究偏离临床实践,研究成果无法应用。转化医学是一个连接两者的新概念。目的是将基础研究与解决病人的实际问题结合起来。其基本特征是多学科交叉合作。针对临床问题,深入开展基础研究,使研究成果得以快速应用。实现从“实验室到床边”的转变,提出从临床应用到实验室的新问题,为实验室研究提出新的研究思路。

Q

我们知道您主要从事胸部肿瘤、头颈部肿瘤和黑色素瘤的临床和转化医学研究。从你的实际经验来看,你的团队对这些肿瘤的研究现状如何?

回答

其中,肺癌领域的研究更加深入,首次提出中国肺癌个体化诊疗体系的四个子群(肺癌高危人群筛查、早期非小细胞肺癌术前诊疗标准、GGO型肺癌个体化诊疗策略、非小细胞肺癌个体化诊疗应用),并应用于实践。在筛查方面,率先在街道社区开展公益科学讲座,通过低剂量螺旋CT筛查社区肺癌高危人群余例。针对低剂量螺旋CT筛查的假阳性问题,还开发了外周血微小核糖核酸检测试剂盒。在诊疗规范方面,对胸部、腹部、头部磁共振成像、支气管镜和EBUS、骨扫描、正电子发射断层扫描等临床问题进行了回顾性研究,确立了GGO肺癌。在个体化诊疗策略方面,通过对毛玻璃结节肺癌的系统研究,建立人工智能预测毛玻璃结节的良恶性,比较肺癌手术方法、肺叶切除和纵隔淋巴结清扫,明确淋巴结转移规律。

在肺癌的分子分型方面,EGFR(外显子18、19、20、21,酪氨酸激酶结构域复制、融合、胞外结构域)、ALK、ROS1、MET(扩增、14跳突变、融合)、RET、HER2(突变、融合)、NRG1、KRAS、BRAF(突变、融合)、FGFR等。是深入研究的目标。EGFR-拉德51融合(肺癌,2018年)和EGFR-9月14日融合(胸腔肿瘤,2019年),EGFR KDD(胸腔疾病,2018年),ALK的新融合伙伴FBXO36-(胸腔肿瘤,2018年)在中国人群中首次报道肺癌。ROS1新融合伙伴CEP72-(2018年胸腔癌),zcc 8-(2018年癌症生物学),MET新融合伙伴UBE2H-(2018年胸腔肿瘤),ATXN7L 1-(2018年安肿瘤)。首次报道了艾塞替尼治疗常见和罕见EGFR突变的一级耐药和二级耐药机制、奥司他韦治疗EGFR T790M突变的一级耐药和二级耐药机制、克唑替尼治疗ALK融合的二级耐药机制以及ROS1融合的二级耐药机制。

组织亚型集中于罕见的组织亚型,如肺-肠肺癌、肉瘤样癌、肝样腺癌、NUT中线癌等。相关研究成果已在权威国际肿瘤学会议上发表口头演讲或面对面交流,如ASCO、ESMO、AACR、WCLC、ELCC等。或者权威

Q

回答

是的,对于NTRK融合的临床实践标准化检测,2019年ESMO指南建议NTRK融合可以被认为是低频突变肿瘤中的“两步方法”,即初始NTRK融合的富集是通过具有抗泛TRK抗体的IHC方法进行的,并且对阳性样品进行NGS方法学确认。还建议以NGS为第一线,在满足NGS常规发展条件的情况下,利用IHC交叉验证阳性病例。根据数千份样本的比较结果,EGFR、甲硫氨酸、硝酸还原酶G1、NTRK、BRAF等低频融合突变的阳性率通过核酸测序显着提高。有效的患者是各种检测方法的最佳验证。对于这部分患者,相应的临床研究也在进行中。有些患者已经明显受益,因此未来应根据脱氧核糖核酸测序结果对泛IHC进行调整。

询问

下一步“一管两检”技术的应用计划是什么?

A

融合基因的检测仍然有很大的潜力。接下来,我们将加入一些临床单位,与恒特基因一起实施“独木舟计划”。这是一个主要涉及肺癌的泛实体肿瘤药物靶点的筛选计划。首先,我们将已批准的靶向药物靶标和正在或将要进行临床试验的融合靶标进行分类,并建立了“一管两检”检测的靶标范围。“独木舟穿过了万重山”。对于临床诊断,与其担心某些生物标志物的治疗指导意义是否明确,或者如何划分阈值,不如关注那些意义明确、治疗手段明确的靶点和生物标志物,提高检测质量,简化检测过程。目前,该项目进展顺利,越来越多的临床单位参与其中。其次,我们可以看到,目前大多数基因检测产品都局限于肿瘤本身的原因,而人体对肿瘤反应的“功能标记”受到的关注较少,这是“独木舟计划”的重要内容。

也就是说,“一管两检”的PANO-Seq全景测序不仅是脱氧核糖核酸或融合突变,更是广义上的病因学反应和靶向免疫,而且是在保持产品易于使用的前提下完成的。让我们拭目以待。

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徐春伟博士

南京大学主治医师、博士生导师。他主要从事胸部肿瘤、头颈部肿瘤和黑色素瘤的临床和转化医学研究。第一作者在WCLC、ELCC、欧洲肿瘤学会(ESMOAsia)等国际肿瘤学会议上做了5次口头演讲,并以墙报交流的形式在ASCO、AACR、ESMO、WCLC、ELCC等国际肿瘤学会议上展示了100多项,主持或参与了10多个国家级自然和省级课题。近年来,随着《神经肿瘤学》杂志的第一作者/通讯作者j .胸科(j .胸腔镜科)、《硬结医学》、《肿瘤学家》、《肿瘤科学》、《肿瘤科学》、《肺癌学》、《临床肺癌学》、《肿瘤学》、《癌症医学》等杂志发表了50多篇sci文章,累积影响因子超过200分,单一最高影响因子为14.196分。他引用近500次,并多次参与中国临床肿瘤学年度研究进展汇编(2015、2016、2017、2018)。他编辑或参与了10多部专着。他的研究成果获得福建省科技进步三等奖(2019年)和福建省医药卫生三等奖(2019年),2项国家实用新型专利和1项国家发明专利。回到搜狐看更多

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